CICC是国内最早从事工业微生物菌种资源保藏的专业机构，库藏菌种可追溯至1947年。中心保藏各类工业微生物资源13000余株，526个属，1477 个种，覆盖食品与发酵行业各类生产、科研及质控用微生物，菌种具有优良的生产性能或特性。中心根据国内外相关法规标准，研制开发标准菌株、质控样品和生物指示物等微生物产品，根据市场及用户需求，提供各类微生物菌种产品、定制加工服务。
菌种资源
生产菌种：工业发酵菌种、传统食品酿造菌种、酶制剂生产菌种、益生菌、饲料添加剂菌种、肥料生产菌种等。
科研菌种：用于分类学、基因工程、功能开发和工艺优化等研究，菌种信息完善、应用性能明确。
其中模式菌种780株，涉及259个属、552个种。
质控菌种：库藏质控菌株1000余株，广泛应用于食品、化妆品、环保、消毒和医疗机械等领域的微生物学检验、质量控制和生产过程控制。
微生物标准品
标准菌株
GB 4789 食品安全国家标准食品微生物学检验
GB/T 5750.12 生活饮用水标准检测方法 第12部分 微生物指标
GJB 150.10A军用设备环境试验方法霉菌试验
化妆品安全技术规范
有证标准样品
肠沙门氏菌肠亚种标准样品
冻干粉中单核细胞增生李斯特氏菌计数标准样品
冻干粉中肠杆菌科标准样品
水质分析用大肠埃希氏菌标准样品
质控样品：质控样品是含有一定数量或特定种类的微生物质控产品。产品包括菌落总数、粪大肠菌群、大肠菌群、霉菌和酵母计数、金黄色葡萄球菌等，覆盖水及水质、食品、公共卫生、化妆品等领域。
生物指示剂
芽胞悬液
萎缩芽胞杆菌9372芽胞悬液
芽胞含量：108 CFU/mL、109 CFU/mL。
嗜热脂肪地芽胞杆菌7953芽胞悬液
芽胞含量：106 CFU/mL、107 CFU/mL。
染菌滑石粉
评定屏障材料对携菌微粒的阻穿透性。参考标准：YY/T 0506.5-2009《病人、医护人员和器械用手术单、金黄色葡萄球菌6538菌悬液手术衣和洁净服第5部分：阻干态微生物穿透试验方法》。
染菌石英粉
评定干性条件下无菌医疗器械包装对微生物屏障性能。
参考标准：YY/T 0681.14-2018 《无菌医疗器械包装试验方法第14
部分：透气包装材料湿性和干性微生物屏障试验》。
菌片
评定现场消毒效果、消毒剂杀菌效果。
载体形式：布片、钢片等。
参考标准：WS/T 774-2021《新冠肺炎疫情期间现场消毒评价标准》、
GB/T 38502-2020《消毒剂实验室杀菌效果检验方法》、《消毒技术规范》。
菌悬液
评定用于口罩阻菌性能验证及其它相关检测。参考标准：YY 0469-2011《医用外科口罩》。
霉菌孢子悬液
评定电工电子产品（GB/T 2423.16）、军用装备（GJB 150.10A）、漆膜（GB/T 1741）等待测样品的防霉抗菌性能。
